Oproti jiným hudebníkům Alphonse Mouzon neměl o své budoucnosti překvapivě zpočátku úplně jasno. Studoval totiž nejprve medicínu na Manhattan Medical School a zároveň obory Drama a hudbu na City College of New York. Zároveň k tomu ale začal docházet na bubenické lekce Bobbyho Thomase z kapely klavíristy Billyho Taylora. Záhy jeho talent kapelníka natolik upoutal, že se dostal v roce 1971 až do kapely klavíristy McCoy Tynera. Následně mu přišly ale hned dvě nabídky, které se neodmítají. Do skupiny Weather Report ho pozval samotný Joe Zawinul a navíc dostal smlouvu ke spolupráci se slavným labelem Blue Note.
Po ročním angažmá u Weather Reportu (v sestavě Joe Zawinul, Miroslav Vitouš, Alphonse Mouzon, Wayne Shorter a Airto Moreira) a vydané stejnojmenné desce s jeho účastí, se naplno rozjela jeho kariéra. Jeho přesný a přesto tvrdý styl se přibližoval schopnostem samotného Billyho Cobhama, přesto Mouzon se orientoval více do soulu a funku. Sedmdesátá léta představují jeho nejúspěšnější éru kariéry, spolupracoval i nadále s McCoy Tynerem, ale hlavně v roce 1974 natočil patrně svoji nejlepší desku nazvanou Mind Transplant. Na ní mu hostoval i americký kytarista Tommy Bolin, který si zde odskočil od své rockové kariéry těsně i po natáčení slavné desky Billyho Cobhama Spectrum (1973), na níž zazářil i český klavírista Jan Hammer.
Mouzon v té době byl už brán za respektovaného jazzového hudebníka a to vedlo ke skvělému jednorázovému projektu, který spojil v roce 1976 dohromady jeho, super talentovaného basistu Jaca Pastoria a Albera Mangelsdorffa. Vznikla poměrně provokativně freejazzová nahrávka, která je dodnes brána jako jedna z jeho nejúspěšnějších věcí kariéry. V sedmdesátých letech hojně spolupracoval i s kytaristou Larrym Coryellem a hostoval i na legendární desce Al di Meoly - Land of the Midnight Sun.
V osmdesátých letech začal spolupracovat i s dalším leaderem jazz fusion – Herbiem Hancockem, u něhož se podílel na jeho třech deskách. Zároveň lze vypíchnout i úžasnou nahrávku s klavíristou Arildem Andersenem A Molde Concert, která vyšla v roce 1981 u labelu ECM.
V roce 1991 stihl ještě i jedno z posledních nahrávání u Milese Davise, soundtrackovému albu k filmu Dingo, z něhož tehdy vznikla i stejnojmenná nahrávka. Projekt vyšel pod hlavičkou Milese Davise a klavíristy Michela Legranda. O rok později Alphonse Mouzon založil vlastní label – Tenacious Records, u nějž až do své smrti vydával své nahrávky a remasterované starší desky – celkem dokonce třináct.
Mimo hudební kariéru se blýskl i menšími filmovými rolemi jako například ve filmu Toma Hankse – To je náš hit. Alphonse Mouzon byl aktivní do poslední chvíle, bohužel letos v září byla americkému bubeníkovi diagnostikována vzácná forma rakoviny ve formě neuroendokrinního nádoru. Ačkoli ihned začal podstupovat léčbu, na níž vznikla i internetová sbírka, nadále pracoval na své nové desce High Noon a pokračoval v hudební činnosti. Zákeřné nemoci ale bohužel v sobotu 25. prosince 2016 podlehl.