V druhé části biografie Jeffa Becka se dostáváme k roku 1989, kdy vychází Beckovi další deska, Guitar Shop. Ta navazuje na předchozí Flash. Ale zdá se, že právě ona je tím, oč Beck na předchozím albu usiloval. Desku natáčí trio Jeff Beck (kytara), Tony Hymas (klávesy) a Terry Bozzio (bicí, ex- Frank Zappa). Na albu se kompletně autorsky podílí Tony Hymas, jemuž se povedl velkolepý počin. Jeff za Guitar Shop získává svou druhou cenu Grammy, zároveň se tímto albem definitivně odtrhl od mainstreamové rockové scény. Na desce jsou použity elektronické prvky doplňované šílenou Bozziovou hrou na bicí (dá se říci, že Terry Bozzio je podobný experimentátor ve hře na bicí jako Jeff Beck na kytaru) a Hymasovými klávesami. Jak by se tento styl dal nazvat? Elektronický rock'n'roll? Těžko říci. Jeff podniká v této sestavě turné, během kterého se připojí ke kapele Stevieho Raye Vaughana a koncertují tedy společně až do roku 1990, kdy šňůru koncertů končí v Anglii.
Jeff Beck 1990-1998
Po tomto turné se Beck hudebně odmlčí. Dává si pauzu. Sem tam se objeví na nějakém večírku (například v roce 1991 na veletrhu firmy CA, pro níž nahraje minutové improvizační intro) a nedává o sobě jinak moc vědět. Vychází mu 3CD komplet jeho starších i nových písní zvaný Beckology. Pauza trvá do roku 1993, kdy vydává album Crazy Legs pod sestavou zvanou Big Town Playboys, která je věnovaná Genu Vincentovi, a především jeho kytaristovi ze skupiny Blue Caps. Jeff Beck tak opět dokazuje neuvěřielný rozsah svého hudebního zájmu, kdy osciluje mezi inovátorskými rockovými deskami, jazzrockem a fusion na straně jedné a na straně druhé klasickým rock'n'rollem a blues. Jeff Beck hostuje na mnoha deskách jiných muzikantů, mimo jiné se v roce 1994 objeví na zatím poslední studiové desce Jana Hammera Drive v písních Underground a Drive. S trochou nadsázky se dá říci, že zatímco Beck hraje rock podporovaný elektronikou, Jan Hammer to dělá obráceně. Jeffovi také vychází Best Of Beck, a to v roce 1995.
Elektronické období 1998-2006
Zatímco jiné rockové hvězdy v tomto období pomalu končí, Jeff Beck dělá pravý opak. Tak odvážný krok, jaký udělal on, se povede jen málokomu. Nenápadným začátkem byla jeho předělávka písně Beatles - A Day in the Life na albu George Martina In My life (s touto písní vystupuje Beck i v současnosti).
V roce 1999 Jeff Beck vydává novou desku nazvanou Who Else! Je to album revoluční a zvukově je úplně někde jinde než všechna předchozí. Nová deska je natočená s pomocí nejmodernějších elektronických prvků. Dá se říci, že Jeff Beck skloubil elektronickou hudbu s tvrdým rockem á la Prodigy. Jeho hráčský styl se vytříbil, nepoužívá téměř vůbec trsátko a vyhrává tak na kytaru těžko uvěřitelným stylem. Na desce se podílí autorsky Tony Hymas, kromě písně Even Odds, kterou složil Jan Hammer (po mnoha letech je to tak první Hammerův počin na hudební scéně), elektronickou část má na starost Andy Wright, který také desku produkuje.
Na desce se sešli muzikanti v sestavě Jeff Beck (sólová kytara), Jennifer Batten (doprovodná kytara; léta spolupracovala s kapelou Michaela Jacksona), Randy Hope Taylor (baskytara), Steve Alexander (bicí) a jako host byl na natáčení písně Even Odds,přizván Jan Hammer. Deska vzbudila ohromný rozruch. Opět tu bylo něco, co předtím nikdo nedělal. Protože Tony Hymas ještě dodělával svoje sólové věci, rozhodl se Jeff vyrazit na turné bez něj s tím, že se k němu pak připojí. Klávesové party proto musela hrát na kytaře přes midi Jennifer Batten. Turné tedy nakonec bylo bez Tonyho a proběhlo v Americe, Japonsku a znovu v Americe.
Jeff Beck podniká turné po Americe a Japonsku a všude sklízí úspěch. Joe Satriani po poslechu Who Else! řekl, že kdyby si měl vzít hudební lekci od nějakého muzikanta, byl by rád, aby to bylo od Jeffa Becka. Navíc dodal, že „dnes Jeff Beck zní jako Jeff Beck víc než kdy předtím."
Na tento nenadálý úspěch navazuje v roce 2001 další deskou You Had Tt Coming. Za tu dostává svou třetí Grammy za nejlepší rockový instrumentální výkon v písni Dirty Mind. Oproti Who Else! je mnohem syrovější a tvrdší. Ovšem překvapuje i jemnými citlivými písněmi. Také k této desce vyráží Beck na další turné, po jehož skončení pokračuje v koncertování v sestavě Tony Hymas, Terry Bozzio a Jeff Beck - hrají věci z Guitar Shopu a z nových dvou alb. You Had It Coming má autorsky v režii opět Tony Hymas. Ovšem jako šitou na míru Jeffovi. Jeff předvádí neuvěřitelné kytarové experimenty, například napodobuje na kytaru zvuk motorové pily či rozjíždějící se motorky, až překvapí citlivým výstupem, kdy doprovází zpěv ptáků.
V roce 2003 se připojil Jeff k turné B. B. Kinga. Jen pár měsíců před tím vydává další desku nazvanou Jeff, která je v podobném duchu jako ty předchozí, a její úpěch je opět ohromný. Na koncertech s B. B. Kingem však hraje vzhledem k programu jen dvě nové věci. Po tomto turné v Americe vychází také oficiální bootleg Live at B. B. King's Club. Autorsky se na desce Jeff podílí Jeff Beck, Andy Wright a Dean Garcia. Všechny tři poslední desky mají podobnou kompozici. Začátek desek je vždy velmi tvrdý až metalový. Postupně však rytmus zpomaluje a konec je tak velmi klidný až lyrický. Jeff Beck k tomu řekl, že ve své nové tvorbě má nejvíce inspirace, když píseň začne bicími a elektronickými efekty tak silnými, že ho to nakopne do zadku. Pak už to jde samo, dodává. Za desku Jeff dostal svou čtvrtou cenu Grammy za nejlepší rockový instrumentální výkon ve skladbě Plan B.
V roce 2004 při příležitosti svých 60. narozenin uspořádal několik velkých koncertů po Británii. Proběhly například také dva dny po sobě v Royal Albert Hall, kde se po dlouhé době objevil po jeho boku Jan Hammer (Jan Hammer po třech infarktech de facto ukončil aktivní muzikantskou kariéru) a bylo připomenuto slavné období z let sedmdesátých a osmdesátých. Od roku 2006 podniká Jeff Beck největší koncertní turné od 80. let po Americe a Evropě, a to v sestavě Jeff Beck (kytara), Pino Palladino (baskytara; občas nahrazován Randym Hopem Taylorem), Jason Rebello (klávesy), Vinnie Colaiuta (bicí) a Beth Hart (zpěv).
Zatím poslední studiovou desku, Emotion & Commotion, vydal Jeff Beck v roce 2010. Na ní se možná dodatečně začíná projevovat jeho určitá tvůrčí krize, neboť se jedná o poměrně nevyrovnaný slepenec žánrově hodně odlišných kusů. Z poměrně nevýrazných zpívaných písní vystupuje výrazná rocková pecka Hammerhead, která dává vzpomenout na klasickou jazzrockou fúzi let sedmdesátých, nicméně je ozvláštněna elektronikou. V roce 2014 chystá Jeff Beck po čtyřech letech opět vydat desku, na níž se má podílet houslistka Lizzie Ball, baskytaristka Rhonda Smith a bubeník Jonathan Joseph. V Japonsku navíc vychází samostatný singl tří nových skladeb, na nichž připomíná opět své elektro-rockové experimenty a lásku ke klasickému blues a rock´n´rollu.
Co ještě říci k člověku, kterého Jimi Hendrix považoval za jednoho ze svých nejlepších přátel? Jeff Beck patřil a patří k hudebním inovátorům již od 60. let. Byl jedním z prvních lidí, co používali Talk Box, a dnes je opět inovátorem v tom smyslu, jak stále posouvá hudbu dál. Jako nemnoho kytaristů nepoužívá příliš často trsátko. Mnoho věcí vyhrává i nehtem na palci. Společnost Fender rovněž produkuje vybavení Beckovi na míru a on sám jim dává další podněty a nápady pro vývoj Fender Stratocaster. Fender také přímo produkuje vybavení Jeff Beck (Beck používá Fender Stratocaster a Telecaster, dříve užíval kytaru Fender Esquire, podle níž Fender vyrábí model i v současnosti). Jeff ale také pořád jen nevymýšlí něco kolem hudby. Když zrovna nekoncertuje, hrabe se ve starých autech (Hot Rodech), která jsou jeho velkým koníčkem.
Na závěr snad jen citát od Jeffa Becka, který vystihuje celou jeho kariéru: „Nedokážu pochopit lidi, kteří jsou schopní akceptovat, že na kytaru se dá hrát jen jedním způsobem. Vzít kytaru do ruky a zkoušet na ní vyloudit zvuk, který předtím nikdo nenalezl - to je to, o co mi jde. Miluji ten pocit, když lidé na koncertě poslouchají moji hudbu a nevědí, jakým způsobem na nástroj hraji. To je pro mě kompliment."
